Akademický senát je nejvyšší zastupitelský orgán fakulty. Má rozhodující hlas v klíčových záležitostech školy, jako je projednávání studijních plánů, schvalování rozpočtu, strategických plánů, vnitřních předpisů. Akademický senát také volí děkana fakulty a vyjadřuje se ke jmenování proděkanů nebo členů vědecké rady.

Do akademického senátu se na 1. LF UK volí 30 zástupců z řad učitelů a studentů. Polovinu z nich volí akademičtí pracovníci, druhou polovinu volí studenti.

Prostřednictvím svých zástupců v AS mohou studenti i učitelé ovlivňovat směřování fakulty. Mohou také jejich prostřednictvím upozorňovat na problémy, s nimiž se setkají, a pomoci jejich rychlému vyřešení.

Úkolem akademického senátu je zajišťovat, aby škola byla řízena efektivně a spravedlivě a aby zachovávala hodnoty a cíle celé akademické obce i společnosti.