Doktorské studijní programy jsou zaměřeny na vědecké bádání a samostatnou tvůrčí činnost v oblasti výzkumu nebo vývoje. Studium probíhá podle individuálního studijního plánu pod vedením školitele, případně i konzultanta, a je řádně ukončeno státní doktorskou zkouškou a obhajobou disertační práce.

Absolventům je přiznán titul „doktor“ (ve zkratce Ph.D., uváděné za jménem), nejvyšší vědecký stupeň, kterého lze na univerzitě dosáhnout.

1. lékařská fakulta UK uskutečňuje doktorské studijní programy i ve spolupráci s dalšími fakultami UK a ústavy Akademie věd ČR, v.v.i. v rámci tzv. „biomedicíny“ (DSPB), a to na základě smlouvy mezi Univerzitou Karlovou a Akademií věd ČR. Podrobnější informace o studiu DSPB jsou k dispozici v sekci DSP v biomedicíně a na webu AV ČR. Jedná se o tyto studijní programy:
Biochemie a patobiochemie, Biologie a patologie buňky, Biomedicínská informatika, Experimentální chirurgie, Farmakologie a toxikologie, Fyziologie a patofyziologie člověka, Imunologie, Lékařská biofyzika, Mikrobiologie, Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie, Neurovědy, Preventivní medicína a epidemiologie, Vývojová a buněčná biologie a Zobrazovací metody v lékařství.

Dále lze studovat doktorské studijní programy, které jsou akreditovány pouze na naší fakultě nebo ve spolupráci s jednotlivými fakultami UK. Informace o těchto programech jsou k dispozici v sekci Ostatní DSP.
Jedná se o tyto programy:
Adiktologie: Specializace ve zdravotnictví, Bioetika, Dějiny lékařství, Experimentální a klinická onkologie, Kardiovaskulární vědy, Lékařská psychologie a psychopatologie, Nutriční a metabolické vědy, Parazitologie.

Pro studenty doktorských studijních programů v prezenční formě studia je ve spolupráci s Všeobecnou fakultní nemocnicí v Praze vyhlašováno výběrové řízení do kombinovaného programu vědeckého a profesního vzdělávání, tzv. „M.D./Ph.D. programu“. Cílem této aktivity je vytvoření podmínek pro uskutečňování kvalitního výzkumu na klinických pracovištích nemocnic ve zdravotnických oblastech, které jsou považovány za prioritní. Kritéria pro přijetí jsou zveřejňována na webu Všeobecné fakultní nemocnice v Praze.

Obecné informace o doktorském studiu na UK jsou k dispozici na webu Univerzity Karlovy v sekci Doktorské studium. Pro další informace ke studiu konkrétního doktorského studijního programu akreditovaného na 1. LF UK se obraťte na referentky doktorského studia na 1. LF UK.

Další vzdělávání doktorských studentů nabízí Platforma doktorského studia.