S ohledem na finanční náročnost výzkumných projektů se v budoucnu předpokládá vyšší důraz na zahraniční zdroje. Z hlediska organizačního upořádání se do vědeckovýzkumné činnosti fakulty promítlo vybudování několika infrastruktur s využitím Evropských strukturálních fondů, a to vznikem dvou center –  Ústavu BIOCEV a Centra pokročilého preklinického zobrazování (CAPI). V budoucnu přispěje k rozvoji výzkumné činnosti 1. LF UK vybudování komplexu Kampus Albertov, na jehož realizaci
se naše fakulta podílí společně s dalšími fakultami UK.

Mimo výše uvedených institucionálních projektů se fakulta podílí na řešení mnoha úkolů z různých oblastí. Nejvíce externích projektů je získáváno od Agentury pro zdravotnický výzkum ČR, dalším významným poskytovatelem je Grantová agentura ČR. Dále jsou na 1. LF UK řešeny resortní projekty ministerstva školství, ministerstva vnitra, ministerstva průmyslu a obchodu či dalších.

Fakulta je zapojena také do řešení projektů financovaných UÚ. Významný zdroj financování představuje Grantová agentura UK, jejíž projekty jsou určeny postgraduálním studentům. Za účelem účinného propojování výsledků základního a klinického výzkumu fakulta podpořila vznik tzv. M.D. /Ph.D. programů, ve kterých se studenti doktorského studia zapojují zároveň do předatestační přípravy. Ve spolupráci s příslušnými institucemi se tak mohou uplatňovat a rozvíjet nejnovější vědecké poznatky ve zdravotnictví.