Řízení ke jmenování profesorem a habilitační řízení je zahajováno na návrh uchazeče/uchazečky. Zahájení řízení ke jmenování profesorem musí být navíc ve smyslu Zákona o vysokých školách (dále jen ZVŠ) a  Řádu pro habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem UK podpořeno alespoň dvěma písemnými stanovisky profesorů téhož nebo příbuzného oboru nebo může být zahájeno  na návrh děkana  podaný vědecké radě fakulty. Řízení může zahájit v případě jmenovacího řízení  z vlastního popudu i vědecká rada fakulty.      

Řízení ke jmenování profesorem:

• minimálně 2 písemná stanoviska profesorů téhož nebo příbuzného oboru ze dvou různých zemí (tj. minimálně jedno stanovisko mimo ČR/SR)
• strukturovaný životopis
• úředně ověřené kopie dokladů o získání vysokoškolského vzdělání a příslušných akademických titulů (tj. vysokoškolský diplom, CSc/PhD, atestace, habilitace, event. jiné)
• přehled o odborné a pedagogické činnosti za posledních 5 let podepsaný přednostou pracoviště, na němž výuka probíhala
• stručné vyjádření uchazeče k pedagogické činnosti 
• přehled publikační činnosti (dle přiloženého formuláře)
• souhrnný výstup citačních ohlasů dle Web of Science (viz příloha)
• komentovaný výběr pěti nejdůležitějších publikací od udělení titulu docent
• seznam absolvovaných vědeckých a odborných stáží v zahraničí (> 1 měsíc, v případě opakovaných kratších stáží doložit společnými publikacemi nebo jinými relevantními výstupy- společné granty, zavedení nové metody atd.)
• seznam řešených grantových projektů (pouze v roli řešitele nebo spoluřešitele)

 Habilitační řízení: 

• strukturovaný životopis
• úředně ověřené kopie dokladů o získání vysokoškolského vzdělání a příslušných akademických titulů (tj. vysokoškolský diplom, CSc/PhD, atestace, habilitace, event. jiné)
• přehled o odborné a pedagogické činnosti za posledních 3 roky podepsaný přednostou pracoviště, na němž výuka probíhala
• stručné vyjádření uchazeče k pedagogické činnosti
• přehled publikační činnosti (dle přiloženého formuláře)
• souhrnný výstup citačních ohlasů dle Web of Science (viz příloha)
• komentovaný výběr pěti nejdůležitějších publikací
• seznam absolvovaných vědeckých a odborných stáží v zahraničí (> 1 měsíc, v případě opakovaných kratších stáží doložit společnými publikacemi nebo jinými relevantními výstupy- společné granty, zavedení nové metody atd.)
• seznam řešených grantových projektů (pouze v roli řešitele nebo spoluřešitele)
• habilitační práce ve 4 výtiscích a v elektronické formě v pdf formátu
  Pokud je habilitační práce souborem uveřejněných vědeckých prací doplněných komentářem, odevzdávají se v elektronické formě dvě verze práce. První verze je úplná, tzn. včetně plných textů komentovaných článků. V druhé verzi habilitační práce budou plné texty komentovaných článků nahrazeny bibliografickými citacemi a trvalými odkazy na plné texty komentovaných článků. 

Dokumentaci uchazeč zašle v elektronické podobě ve formátu Word na email Bc. Bohdaně Frantíkové na oddělení pro vědeckou činnost Děkanátu 1. lékařské fakulty k administrativní kontrole. Po eventuálním doplnění či přepracování  materiálů, uchazeč vytištěné a podepsané dokumenty (ve dvojím vyhotovení) odevzdá na oddělení pro vědeckou činnost. Návrh posoudí na osobní schůzce s uchazečem/uchazečkou proděkan pro vědeckou činnost. V případě, že předložené materiály odpovídají požadavkům kladeným na profesory, resp. docenty 1. lékařské fakulty, doporučí jménem děkana fakulty řízení oficiálně zahájit.

Univerzita Karlova stanovila pro uchazeče v habilitačním řízení/řízení ke jmenování profesorem poplatek za úkony spojené s tímto řízením, a to ve výši 2.000,-Kč/5.000,- Kč (čl. 8/čl. 18 Řádu pro habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem). Poplatek je splatný do 30 dnů od schválení komise vědeckou radou fakulty a je nevratný.